Ekologi perairan mempelajari tentang konsep dasar ekologi perairan, interaksi antara faktor abiotik (pH, temperature, kekeruhan, salinitas, DO, COD, konduktivitas) dan biotik (organisme planktonik, nekton, dan benthos) dalam ekosistem perairan, proses interaksi dalam ekosistem perairan laut, estuaria, sungai dan danau, faktor-faktor pembatas, dampak aktivitas manusia, pengukuran parameter kualitas air, dan bioindikator kualitas lingkungan perairan. Metode pembelajaran yang digunakan ceramah, penelusuran pustaka, review jurnal, studi kasus, diskusi kelompok, dan praktik dilapangan.